Sobre la existencia o no de la Mano Negra Tuñón de Lara afirma que «nada permite, en suma, hablar de la “Mano Negra” como organización. Ello no es obstáculo para que pudieran existir pequeñas “maffias” (grupos influenciados por el anarco-comunismo), en las fronteras de la rebeldía secular y de la delincuencia común que, hábilmente explotadas por los órganos del Poder, sirvieron para justificar una represión y una campaña que, pese a sus protestas, quebrantarían en cierto modo a la FTRE».37? Por su parte, Josep Termes afirma que se trató de «un montaje policial», aunque reconoce que «es innegable que la violencia estaba presente en la Andalucía agraria».
Pancarta por la dignificación de las víctimas en 2013 en Jerez
Según Avilés Farré, «la cuestión de si la Mano Negra existió o no es la menos importante que el tema plantea. Lo más probable es que su reglamento no fuera una falsificación, sino que alguien lo redactara como acta de constitución de un grupo clandestino orientado hacia la guerra de clases, pero ello no prueba que el grupo llegara a constituirse ni que cometiera delito alguno. Si de verdad existió, no dejó huella alguna de su actividad y lo que se puede afirmar con certeza es que quienes cometieron el más famoso de los crímenes que se le atribuyeron, el de la Parrilla, nunca habían oído hablar de la Mano Negra. Se puede afirmar, en cambio, que formaban parte de la federación local de la FTRE en lo que es hoy el municipio de San José del Valle, una federación que se mantenía en la clandestinidad, como posiblemente ocurriera con bastantes otras federaciones locales andaluzas. […] Los reglamentos de la Mano Negra y el Tribunal Popular fueron entendidos por algunos mandos de la Guardia Civil como la prueba de una amplia conspiración clandestina, que estaría detrás de todos los actos de violencia que se venían produciendo en los campos de Andalucía occidental. El ominoso nombre de la Mano Negra vino a concretar en algo específico un temor difuso y tuvo un indudable atractivo periodístico, aunque en definitiva en ningún proceso se llegara a probar actividad alguna atribuible a aquella misteriosa organización».
Que la Mano Negra fuera un invento a la manera de la operación de bandera falsa o a modo de una imputación injustificada del gobierno de Sagasta para aplacar las revueltas en los campos del sur de España ya fue insinuado por el escritor y político republicano Vicente Blasco Ibáñez en su novela sociológica titulada La bodega, publicada en 1905.
El historiador y periodista Juan Madrid ha afirmado sobre el tema: “Ese interés abrumador por imputar a los anarquistas cualquier crimen con el fin de deteriorar la imagen del colectivo ha sido una constante en la historia de este país y de cualquier país”.